No Linux, por padrão, a prioridade de IO de um processo é derivada de sua prioridade de CPU de acordo com a fórmula
io_priority = (cpu_nice + 20) / 5
A prioridade de IO varia de 0 a 7, com 0 sendo a prioridade mais alta. A conveniência do processador varia de -20 a 19, com -20 sendo a prioridade mais alta.
Você pode usar o comando ionice
para alterar a prioridade de IO do processo. Se você quiser que o processo seja executado somente quando o sistema não estiver ocupado, execute-o na classe "inativa" em vez da classe padrão "melhor esforço":
ionice -c 3 -p $PID
ionice -c 3 mycommand --someoption
Mesmo com a prioridade mais baixa, um processo que consome muitos discos tende a desacelerar o sistema, se nada mais, porque polui o cache.
Veja a página ionice
man para mais informações.