Um não é melhor que o outro, são apenas métodos e modos de pensar diferentes.
Você pode usar o sistema de permissões no mesmo caminho sem problemas.
Eles interferem um com o outro ao modificar o proprietário, o grupo proprietário e outras permissões: ao definir o valor atual para estes a partir do setfacl, ele irá definir a permissão posix, e não a ACL.
As permissões Posix permitem apenas um proprietário, o grupo proprietário e a permissão "everyone", enquanto o ACL permite vários usuários e grupos "proprietários". O ACL também permite definir permissões padrão para novos arquivos em uma pasta.
Você pode adicionar mais gerenciamento de permissões em ambos, com o apparmor ou o selinux, para um controle mais rigoroso.