O problema subjacente é que os eventos de rolagem estão sendo capturados pelo objeto Flash, mas não estão sendo transmitidos para a janela pai quando o aplicativo Flash não tem uso para eles.
Não sei se a responsabilidade recai sobre a Adobe ou sobre os autores individuais dos aplicativos Flash em questão, mas, infelizmente, não acho que haja nada que o Ubuntu possa fazer para corrigir isso.