O arquivo System.map é usado principalmente para depurar falhas do kernel. Não é realmente necessário, mas é melhor mantê-lo se você for usar esse kernel. Se você decidiu que não precisa desse kernel, é seguro excluir o arquivo de mapa correspondente.
Se você realmente tiver pouco espaço em disco, poderá compactar os arquivos do mapa. Eles não são tão grandes, então isso não economizará muito espaço, mas bzip2 irá reduzi-los a cerca de 25% do tamanho original. Então você pode descomprimir um se descobrir que precisa dele.