Usando paralelamente no Ubuntu

Question

Estou com um problema ao tentar usar o comando paralelo no Ubuntu 10.04. Eu olhei para a documentação paralela e alguns dos comandos parecem rodar. Em todos os casos, recebo o prompt de comando sem nenhuma ação. por exemplo. Eu estava tentando comprimir um monte de arquivos usando o bzip2

17:32 farhat HarshaNaveen$ parallel bzip2 ::: *fastq 
17:33 farhat HarshaNaveen$ ls *fastq|parallel bzip2 {}

Nenhum desses comandos funcionou. Também não houve nenhum erro. O exemplo dado no arquivo man funcionou bem.

18:58farhat HarshaNaveen$ parallel sh -c "echo hi; sleep 2; echo bye" -- 1 2 3
hi
hi
hi
bye
bye
bye
18:58farhat HarshaNaveen$ 

O que estou fazendo de errado?

    

Answer 1

Sua primeira tentativa está mais próxima de estar correta, mas por que o ::: ? Se você alterar ::: para -- , ele fará o que você deseja.

parallel tem uma estrutura específica e incomum em sua linha de comando. Na primeira metade, você dá o comando que deseja executar várias vezes e a parte da linha de comando que será sempre a mesma. Na segunda metade, você dará as partes que serão diferentes cada vez que o comando for executado. Essas metades são separadas por -- . Algumas experiências mostram que, se parallel não encontrar a segunda metade, não executará nenhum comando.

Provavelmente vale a pena reler a página do manual com cuidado. As páginas de manual têm um estilo conciso e denso de informações que pode levar algum tempo para se acostumar. Também tente ler algumas páginas para comandos que você já conhece.

    

Answer 2

Por padrão, no Ubuntu, o parallel se comporta como a implementação do Tollef (por quê?). Você pode verificar /etc/parallel/config . Na linha de comando, você pode sobrescrever esta configuração e comutá-la no modo GNU com --gnu . Com essa opção, todos os exemplos da página do manual devem funcionar bem.

    

Answer 3

Suponho que você esteja tentando executar os dois bzip2 ::: *fastq e ls *fastq|parallel bzip2 {} em paralelo. Qualquer motivo convincente para você não abrir apenas duas janelas de terminal e executá-las em sua própria janela?