Existe uma maneira de reconhecer as permissões do Windows em uma montagem ntfs-3g. Você precisa criar um arquivo de mapeamento de usuários. Veja aqui .
Isso também pode ser feito no Linux, com o utilitário ntfs-3g.usermap . Veja as páginas de manual para mount.ntfs-3g e ntfs-3g.usermap . (Eu uso o Fedora 14).
EDIT: Eu não sei qual efeito habilitar isso terá no recurso de montagem do Nautilus. Eu gosto de montar as partições em /etc/fstab e deixar assim.