A solução acabou sendo mais simples do que aparentava. A saída de fuser -v /dev/snd/*
revelou que o jackd estava monopolizando silenciosamente a placa de áudio, mesmo depois que o QjackCtl supostamente a matou. A execução de killall jackd
corrigiu o problema. O problema não era com o PulseAudio, mas sim o jackd rodando invisivelmente em segundo plano.