./configure procuram minix/config.h para determinar se estão desenvolvendo ou não o Minix. O teste é definido em specific.m4 . O Autoconf configura algumas variáveis quando detecta o Minix, e é isso que ele faz - é claro, compilações específicas podem então reagir de forma diferente, mas isso depende do projeto que está sendo construído, e não do Autoconf.
Como você percebeu, o teste em si é inofensivo. Os scripts ./configure são gerados de tal forma que podem ser executados em uma ampla variedade de plataformas; esse é o ponto inteiro de fato. Assim, eles incluem um conjunto de detecção de recursos que é relevante apenas para um subconjunto de plataformas e que você verá "com falha" na maior parte do tempo; mas não há motivo para se preocupar com isso.