O comando service é uma ferramenta de "compatibilidade" para ajudar as pessoas a migrarem do sysvinit para o systemd. É um programa inteligente que tenta descobrir o seu atual sistema init e irá chamar sysvinit, upstart ou systemd conforme necessário.
Sua pergunta é um pouco "conte o futuro" na natureza; hoje o Debian permite que diferentes sistemas init funcionem e o comando service irá tentar resolver tudo. Mas o Debian 9? Quem sabe o que isso vai suportar ... Podemos acabar com superinit para substituir systemd , e o comando service será atualizado ...
O problema é que essa solução pode não ser consistente entre plataformas; service funcionará com o CentOS ou o SuSE? systemctl ?
Se eu estivesse escrevendo meu próprio material, eu ficaria com systemctl para todas as plataformas baseadas em systemd , mas tenho um teste massivo para todas as variantes de sistema operacional que eu suporte.