As entradas do menu são criadas a partir de arquivos .desktop. Lá você pode especificar se o ícone deve ser mostrado apenas no Gnome, somente no KDE ou em ambos com, por exemplo, uma linha OnlyShowIn = KDE.
Para esconder todos os aplicativos do KDE, você pode fazer como root
cd /usr/share/applications/kde4/
for i in *.desktop; do echo “OnlyShowIn=KDE” >> $i; done
Para ocultar os aplicativos do Gnome no KDE, clique em “OnlyShowIn = GNOME” no arquivo .desktop do Gnome.
No entanto, quando chega uma atualização a um pacote, isso pode substituir isso, por isso, talvez seja necessário repeti-lo, por exemplo, com um cron job. Faça um backup de / usr / share / applications / kde4 / antes de fazer isso para estar seguro se algo der errado.
Para obter uma lista de todas as informações que podem ser incluídas em um arquivo .desktop, consulte o link