man ksoftirqd indica que:
If ksoftirqd is taking more than a tiny percentage of CPU time, this indicates the machine is under heavy soft interrupt load.
Estou trabalhando com um sistema Debian Wheezy sob uma utilização geralmente alta do sistema, na qual os processos do ksoftirqd utilizam recursos excessivos de cpu e disco por um curto período de tempo. Durante esse tempo, o sistema opera em um ritmo de caracóis.
Como alguém pode começar a entender qual é a causa raiz para esses picos de utilização de recursos do ksoftirqd?
Verifique /proc/interrupts para descobrir se uma ou mais interrupções ocorrem excessivamente. Dica: Vários milhares de interrupções por segundo não são motivo para alarme.
Interrupções excessivas (aka tempestades de interrupção) podem ter várias razões, uma delas sendo até mesmo problemas de hardware (linha de interrupção ruidosa).
Para responder melhor à sua pergunta, precisamos saber qual sistema operacional usa qual hardware você usa.