Você pode tentar configurá-lo manualmente por meio da linha de comando usando mimeopen
.
Exemplo
$ mimeopen -d ~/test.pdf
Please choose a default application for files of type application/pdf
1) E-book Viewer (calibre-ebook-viewer)
2) Document Viewer (evince)
3) Xournal (xournal)
4) GNU Image Manipulation Program (gimp)
5) Xpdf PDF Viewer (xpdf)
6) Print Preview (evince-previewer)
7) Inkscape (inkscape)
8) calibre (calibre-gui)
9) Other...
use application #2
Opening "/home/saml/Downloads/test.pdf" with Document Viewer (application/pdf)
O que resulta no meu arquivo PDF, test.pdf
se abrindo no Evince. A partir deste ponto, o Evince é o padrão quando eu uso o xdg-open
.