Você deve ter usado credenciais diferentes ao usar virsh e virt-manager . Faça tudo sob seu usuário, ou pelo menos o mesmo usuário toda vez. virt-manager e virsh são interfaces para o mesmo banco de dados libvirt VM, mas o contexto do usuário faz diferença, portanto, se você quiser gerenciar o mesmo conjunto de VMs, use sempre o mesmo usuário com os dois utilitários.