Você pode usar aliases para chaves de host:
Host <hostname>*
hostname <fqdn>
HostKeyAlias <alias>
Sua chave será salva em known_hosts como "alias" em vez de "hostname" curta ou longa, a desvantagem é que você precisa escrever uma entrada para cada um de seus hosts.
Por favor, note o '*' após o nome do host na primeira linha, ele é necessário para combinar o nome do host curto e longo.