Após o comentário de @ don_crissti, acontece que passar um magicfile vazio para file
fará com que ele volte para detectar o ASCII padrão.
Então file -m /dev/null extra.module.php
fará o truque nesse caso e produzirá o desejado
extra.module.php: UTF-8 Unicode C++ program text, with CRLF line terminators