Você não precisa consertar isso - não está quebrado. Essas são referências a objetos de arquivos do kernel que não estão disponíveis para du - é uma condição de corrida comum envolvendo descritores de arquivos. Aqueles que não consomem espaço de qualquer maneira (e nem /proc , por questão) como eles não estão no disco - eles são apenas referências temporárias aos descritores de arquivos no kernel. Eles estão referenciando anonymous pipes / sockets - e por isso não são stat aptos porque não têm nome de arquivo - ou entre o tempo que du os percebe e a hora em que tenta stat deles eles deixaram de existir ou du nunca tiveram permissão para fazê-lo em primeiro lugar. Eles são muito provavelmente os descritores de arquivos do próprio du .
No entanto, seu comando pode ter problemas, pois trata de várias montagens do sistema de arquivos. Esta provavelmente não é sua intenção e você pode usar:
du -shx
... para endereçar apenas arquivos que existem na montagem raiz do diretório de trabalho atual. Porque /proc é um sistema de arquivos próprio e é montado separadamente para / em execução que de / excluiria /proc e todos os outros que não pertencem.
Senão, se você quiser listagens para várias montagens do sistema de arquivos, basta fazer:
du -sh 2>/dev/null