-x é falsa, já que seu objetivo é pular as coisas. Essa opção nunca lhe dá a imagem completa.
Para obter uma listagem completa, use montagens de associação e, em seguida, du , ncdu , xdiskusage , baobab ou o que desejar no diretório ligado sem ignorar as opções:
mkdir /mnt/root
mount --bind / /mnt/root
ncdu /mnt/root
Você pode descobrir que tem muitas coisas em /mnt/backup (porque não foi montado quando a tarefa de backup foi executada) ou um arquivo gigante em /dev (resultado de dd if=/dev/zero of=/dev/sdx quando não /dev/sdx existia e nenhum tmpfs foi montado em /dev ).
Também pode ser um arquivo excluído ainda usado por um processo, mas as pessoas geralmente não perguntam sobre ele depois que ele é reiniciado. Também poderia ser uma inconsistência do sistema de arquivos, mas isso também desapareceria após a reinicialização (se forçar fsck no processo).