No Arch Linux, eu removi a permissão exec no notification-daemon lib. Eu encontrei esta solução temporária rápida quando eu estava procurando uma solução para esse mesmo problema.
$ sudo chmod -x /usr/lib/notification-daemon-1.0/notification-daemon
Algumas das notificações irritantes que você pode desativar aqui:
$ gnome-session-properties
Por exemplo, você pode desativar o "applet Fila de impressão" e não receberá notificações sobre cada documento impresso. Ou "Notificações de disco" e isso deve resolver o problema de notificação "Seu disco USB está conectado".