Nenhuma ideia sobre a resposta real, mas como uma solução alternativa, você pode abrir mais de uma guia no seu programa de terminal e tentar isso em vez de janelas de terminal separadas? Não vai ficar do jeito que você quer, mas deve ter a mesma funcionalidade.
Eu uso o konsole no kubuntu (kde) e ele suporta múltiplas abas. Tenho certeza de que existe um programa semelhante para o seu ambiente.
Além disso, se você abrir seu segundo terminal de dentro do seu primeiro terminal - a partir da linha de comando, você poderá ver algumas mensagens de erro (no terminal original) ao fechar o novo terminal que pode fornecer pistas sobre o problema é.