O Debian é construído do zero no sentido de que cada mantenedor de pacotes constrói seu pacote a partir da fonte, para que você não precise fazê-lo. A maioria das distros funciona dessa maneira (exceções são, por exemplo, Gentoo ou LFS). Assim, as "ferramentas" para construir o software dependem de cada componente, e o empacotamento em um .deb ou .rpm é frequentemente tratado por uma ferramenta específica de distro.
Para ramificar uma distro existente, você teria que configurar um repositório e começar a preenchê-lo com pacotes. Deixe o gerenciador de pacotes apontar para o seu repositório e o da distribuição base. Então você pode começar um por um, substituindo os pacotes básicos pelos seus remendados.