Acabei de encontrar a resposta, o pacote Debian e o comando debsums
. Vou deixar isso aqui para referência para qualquer um no futuro.
Ele pode ser usado na maioria dos (todos?) derivados Debian, incluindo o Ubuntu; ele verifica os binários instalados e os arquivos de configuração em checksums instalados em cada pacote. Consertar um sistema corrompido é tão fácil quanto o runn
apt-get install --reinstall $(dpkg -S $(debsums -c) | cut -d : -f 1 | sort -u)
(veja o manpage para detalhes).