Você precisa configurar os dois dispositivos de entrada manualmente em xorg.conf
e especificar o deslocamento de cada um deles para que eles mapeiem para o local correto na configuração geral da tela X.
Cada driver de entrada precisará ser mapeado especificamente para o ID do dispositivo ao qual ele corresponde. Não especificar isso fará com que o driver assuma QUALQUER dispositivo compatível.
Depois de ter dois dispositivos de entrada separados funcionando, você só precisa usar a opção correspondente para qualquer que seja o driver para especificar o espaço de coordenadas ou o deslocamento.