Os diretórios /tmp e /var são os que muitos programas do sistema gravam muito e dependem de serem graváveis. Minimizar as gravações nesses diretórios ou configurar o Linux para montar esses diretórios em dispositivos de armazenamento externos que são substituíveis, ao contrário do flash on board, seria um grande passo para atingir sua meta.
/home e partição swap devem ser tratados da mesma maneira.
rsyslogd , o syslogd padrão no Debian e muitas distribuições derivadas do Debian, tem a capacidade de não gravar logs em disco, mas enviá-los por uma conexão de rede, e apenas gravá-los no armazenamento se um buffer interno ficar cheio. A implementação disso (que estou tentando descobrir como fazer atualmente de uma maneira boa) poderia eliminar muitas gravações em flash.
Além disso, você deseja montar seus sistemas de arquivos com a opção noatime , o que impede que o Linux atualize o tempo de acesso em cada arquivo tocado. Isso também pode eliminar muitas gravações e acelerar o desempenho. Eu acho que há também um parâmetro do kernel que controla o intervalo de tempo entre a chamada automática sync do Linux. Se o seu sistema não espera experimentar interrupções repentinas de energia, você pode definir isso para um valor maior que o padrão de 5 segundos (eu acho).