Você pode usar ncat
- que também tem uma porta do Windows - para transferir dados pela rede. Em um sistema, você o executa no modo "listen", onde ele se liga a alguma porta, no outro sistema, você se conecta a essa porta na outra máquina. Isso cria um tubo bidirecional. No Linux você pode escolher entre mais variantes (GNU netcat, BSD netcat, socat ...). Além da página man óbvia, você também pode dar uma olhada no artigo do netcat da wikipedia .
Nota: em ambos os sistemas você os executa no terminal (linha de comando do Windows, shell Unix) - o copiar-colar tem que acontecer duas vezes: em uma máquina copie da origem e cole no terminal que está executando ncat . Os dados são transferidos para a outra máquina, onde você os copia do terminal para o destino final.
Outra opção é trocar arquivos em um compartilhamento do Windows ( Samba no Linux).