Acabei de me deparar com o mesmo problema. Depois de depurar o problema com o mantenedor e2fsck , percebemos que o cartão SD estava quebrado. Ele estava aceitando as gravações sem erro, mas na verdade não estava gravando os dados no cartão. O cartão SD foi efetivamente lido apenas.
Parece que a placa entrou em algum tipo de modo à prova de falhas, onde os dados ainda podiam ser lidos, mas nada escrito.
A e2fsck message unable to set superblock flags significa que tentou gravar no superbloco para marcar o diário como processado, o que aconteceu sem erro, mas quando foi ler o superblock novamente ele ainda indicou que o diário precisava ser replayed. Em outras palavras, as alterações gravadas no superbloco não foram salvas no meio de armazenamento.
O cartão que estou usando e que tem esse problema é um microSD Samsung Evo de 16GB, que eu mencionei apenas no caso de ser um problema comum com esses cartões.
Eu pude testar isso usando dd para escrever 4096 bytes de /dev/zero no cartão no bloco 0, então eu li de volta do cartão e em vez de obter todos os zeros como deveria, eu ainda tenho o superbloco ext4 inalterado original.
Agora estou no processo de mover os dados para um novo cartão e, em seguida, ver se posso obter uma substituição da Samsung, que parece oferecer uma garantia de 10 anos em cartões SD.
ATUALIZAÇÃO: A Samsung substituiu o cartão de 16GB por um de 32GB na mesma série Evo, então acho que não posso reclamar muito!