Sim, supondo que você já tenha tomado cuidado e feito backup de qualquer arquivo de conseqüência na sua instalação do Ubuntu, você pode simplesmente selecionar "instalar junto com o Windows" durante o processo de instalação do Linux Mint.
A partição preexistente do Ubuntu pode ser ignorada com segurança, apenas certifique-se de selecionar a mesma partição para a qual ela foi instalada no Linux Mint.