Primeiro, verifique sua RAM.
Um processo que não responde ao SIGKILL é um sintoma de um bug do kernel ou de um bug de hardware. Quando você não mudou o seu kernel, a razão mais provável é que sua RAM está falhando, então verifique. Os bugs do kernel podem ter causas sutis (como usar a versão incorreta do gcc) e se manifestar de maneira sutil (como funcionar perfeitamente, exceto que o servidor X não iniciaria - a mesma história verdadeira). Não é muito provável que o seu novo kernel seja defeituoso, se você estiver usando o kernel fornecido pela distribuição que muitos outros usuários estão usando, mas isso pode acontecer - possivelmente um bug raro desencadeado por uma combinação de drivers e padrões de atividade. Tente outro kernel.
Também pode haver um bug no Apache que causa uma falha, mas se o SIGKILL não funcionar, não é culpa do Apache.