Várias opções óbvias:
- modifique
/etc/profile
para adicionar um gancho de logoff (ou se o seu sistema já tiver um arquivo de gancho de logout, modifique isso) - modificar a configuração do PAM do sistema para adicionar um controlador de sessão extra (a biblioteca pam_script aborda especificamente isso)
- modifica o shell de login dos usuários em consideração para algo que mata seu outro programa na inicialização, gera o shell de login real e, em seguida, inicia o programa de tela quando o shell de login real sai
- (se você se importa apenas com logins de console) substitua getty