Você pode verificar sua política de energia PCIe neste arquivo:
# cat /sys/module/pcie_aspm/parameters/policy
Como o Gen3 é bastante direto no gerenciamento de energia através do ASPM (Active-State Power Management), essa pode ser a causa raiz do problema no seu barramento: o throughput é baixo e os módulos reduzem a velocidade, mas esquecem de aumentar novamente quando necessário (se necessário). Você pode aplicar no grub para evitar o uso da diretiva "powersave" ou "default" desabilitando aspm com o seguinte parâmetro:
pcie_aspm=off
Teste isso em apenas um kernel anexando esta opção em /boot/grub/grub.conf
na linha "kernel" do linux de boot padrão. Exemplo de configuração do grub extraído dos documentos da Red Hat:
default=0
timeout=10
splashimage=(hd0,0)/grub/splash.xpm.gz
hiddenmenu
title Red Hat Enterprise Linux Server (2.6.18-2.el5PAE)
root (hd0,0)
kernel /boot/vmlinuz-2.6.18-2.el5PAE ro root=LABEL=/1 rhgb quiet pcie_aspm=off
initrd /boot/initrd-2.6.18-2.el5PAE.img