Desde que você usou o Wubi para instalar o Ubuntu, você pode usar a ferramenta Adicionar / Remover Programas do Windows para desinstalar o Ubuntu.
Além disso, acredito que o Wubi usa o arquivo em vez de partições. Então, você deve ser capaz de encontrar o arquivo de partição em algum lugar. Eu acho que você poderia procurar por arquivos grandes ou algo assim. Eu não sou especialista em Windows e nunca usei pessoalmente o Wubi, então não posso ser mais específico.