Não é exatamente "pipe", mas você pode basicamente dizer a scp para copiar um FD específico (que pode ser pipe) do seu host para o outro. Comando bash simples como este:
( scp não funciona porque precisa de um tamanho antecipadamente):
scp <(tar cz files to compress) host:/path/to/new.file
mas pode funcionar com ssh :
tar cz files to compress | ssh host "cat > /path/to/new.file"