Resposta parcial: Não tenho certeza se você pode desativar apenas uma porta USB, mas pode desativar o controlador e todas as suas portas.
Você pode listar os controladores com lspci: lspci -k| grep -i usb -A2
Por exemplo, eu recebo:
03:00.0 USB controller: ASMedia Technology Inc. ASM1142 USB 3.1 Host Controller
Subsystem: Micro-Star International Co., Ltd. [MSI] ASM1142 USB 3.1 Host Controller
Kernel driver in use: xhci_hcd
Kernel modules: xhci_pci
Significando que o controlador USB na porta PCI 03: 00.0 é tratado pelo módulo xhcp_pci do kernel.
Agora, posso pedir ao motorista para não gerenciar este controlador com o seguinte comando:
echo "0000:03:00.0" | sudo tee /sys/bus/pci/drivers/xhci_hcd/unbind
Se você não se importar de perder as outras portas USB deste controlador, isso pode ser uma solução.