Tente usar a opção -host-cursor.
Editar: na página do manual do Xephyr, esta opção reutiliza o cursor da sessão do host X. Teoricamente, isso não deve produzir uma melhora significativa no desempenho. Na prática, descobri que o cursor do Xephyr é muito lento em máquinas com especificações mais baixas, e essa opção corrige esse problema com facilidade todas as vezes.
Seria invocado por, por exemplo,
Xephyr -host-cursor -screen 800x600 :1