Usar comandos normais com links simbólicos é muito complicado. O comando find
manipula-os muito bem. Portanto, a chave é usar find
e eu sugiro usar uma função de hash criptográfica ou CRC rápida, dependendo das suas necessidades.
Então, algo assim deve funcionar (você pode fazer suplementos quando necessário)
find -L www -type f -exec cksum {} \; | cut -d ' ' -f1-2 | md5sum
Se você quiser suporte criptográfico para suas somas de verificação,
find -L www -type f -exec sha256sum {} \; | cut -d ' ' -f1 | sha256sum
O identificador 'type' é necessário porque o sha256 só funciona em arquivos e erros para diretórios, e o corte é usado apenas para passar a soma de verificação / hash para a função final e evitar falsos positivos quando na realidade apenas os nomes de caminho são diferente.
Nota: Isso falhará caso o symlink não seja relativo e se os dois sistemas não tiverem o mesmo caminho exato que pode acontecer se um symlink apontar para fora do diretório em que você está executando find
on.