O Ubuntu tem um script importado do Debian que faz a instalação para você. Depois de compilar o kernel, execute sudo make modules_install install
e seu kernel será instalado corretamente.
Mais tarde editar: Aqui é o script que o Ubuntu e o Debian usam. É automaticamente chamado pelo Makefile do kernel quando você emite os comandos de instalação acima e faz a instalação específica da distribuição.