Se você usar ssh [email protected] , estará efetivamente efetuando login novamente, para obter o ambiente de login padrão para esse usuário. su user apenas mudará de usuário.
Uma comparação melhor seria com su - user , que define o ambiente. Nesse caso, parece haver pouca diferença, a menos que você esteja fazendo algo especial.
Gostaria de saber se as pessoas que estão usando ssh estão apenas usando o conhecimento herdado da empresa porque ninguém sabia sobre - com su !