Ok, vou responder a minha própria pergunta.
Eu fiz meu próprio script awk baseado na solução do @pradeepchhetri.
cat data.txt | sort | awk '
BEGIN{FS=OFS="/";}{
path=$0;
for(i=NF;i>0;i--){
NF--;
if($0 in paths){next;}
}
paths[path]=path;
}
END{for(path in paths){print path;}}' | sort
Que funciona para os meus propósitos.