Você precisa escrever um script de inicialização para seu aplicativo da web. (Exemplos para Dropbox e RTorrent . Você pode encontrar mais exemplos se você procure no wiki por add_daemon .
Seu script usaria su para executar o aplicativo como o usuário apropriado. (Os scripts de inicialização são executados como root, portanto, eles podem usar su para qualquer usuário.)
A linha crítica seria parecida com
su www -c "/path/of/app &"
Então você adicionaria seu novo daemon à lista de DAEMONS em /etc/rc.conf , então será iniciado automaticamente após a inicialização.