Eu escrevi um artigo sobre o wikihow sobre como fazer isso, então confira aqui .
Sobre o erro, você teria que copiar os arquivos com um comando sudo, mas eu não recomendaria isso. Usar as pastas de configuração em seu diretório inicial não requer permissões de root, e se você bagunçar as coisas, o pior que pode acontecer é que você precisa criar uma nova conta de usuário. Mexer com as configurações globais é perigoso; use-os somente se for absolutamente necessário.
Programas (pelo menos os scripts que iniciam os programas) estão localizados em / usr / bin, eu acho, mas alguns estão em / opt também.
Não sei ao certo como você está familiarizado com o Linux, mas realmente não há uma pasta "arquivos de programa" no mesmo sentido que o Windows. Todas as configurações são feitas principalmente em pastas de configuração separadas. Você terá que saber onde colocar cada um.
Divirta-se com o Ubuntu! É um excelente sistema operacional, mas definitivamente diferente do Windows.