Se o usuário iniciou o processo e você só tem acesso remotamente, suas opções são limitadas.
Eu tentaria matar os processos remotamente. Isso pode levar algum tempo para ficar na fila!
ssh -l $USER $HOSTNAME 'pkill -9 MATLAB'
Se isso for executado, mas não matar o processo em execução. Você sempre pode matar todos os processos criados pelo seu usuário. este seria um último recurso, obviamente, evite se você souber o nome do processo.
ssh -l $USER $HOSTNAME 'pkill -9 -u $USER'
Se você tiver qualquer acesso KVM ou IPMI, este será o momento de eliminar isso.