Use o comando convert de ImageMagick :
convert x.png -resize 25% x.jpg
criará uma versão JPEG reduzida em 25% de x.png .
Para fazer todos os arquivos PNG de uma vez, use um loop for :
for filename in *.png ; do convert "$filename" -resize 25% "${filename%.png}.jpg" ; done
Analisamos todos os arquivos que correspondem a *.png e, para cada um deles, executamos o comando convert acima. "${filename%.png}.jpg" gera o nome do arquivo .jpg para cada .png : remove a extensão com % e coloca .jpg de volta no final.