No zsh, você pode usar um glob recursivo:
mkdir ~/epubs
mv -- **/*.epub ~/epubs/
No bash ≥4, execute shopt -s globstar (você pode colocar isso no seu ~/.bashrc ) e depois o comando acima. Em ksh, execute set -o globstar primeiro.
Com apenas ferramentas POSIX, execute find :
find . -name '*.epub' -exec mv {} ~/epubs \;