Por que você não tenta uníssono? Não tenho certeza, quais sistemas operacionais você está usando exatamente, mas o uníssono fará o trabalho. A sintaxe é bem simples, embora você possa expandi-la com muitas opções:
~$ unison /path/to/dir1 /path/to/dir2
Aqui você pode encontrar todas as informações necessárias.