A resposta básica é que sim, você precisa fazer mais. Você precisa fechar o buraco que permitiu o atacante em primeiro lugar. Além disso, você precisa remover todas as portas traseiras, etc., o atacante adicionou uma vez que ele estava dentro.
De longe, a maneira mais confiável de remover as portas dos fundos é limpar o sistema e restaurar a partir do backup (certificando-se de que é um backup antes do comprometimento). Depois disso, você precisa fechar as falhas de segurança - no seu caso, isso provavelmente significa atualizar o Magento e o Wordpress.
Em vez de repetir todos os detalhes aqui, indico várias respostas detalhadas sobre Falha do servidor : consulte Como lido com um servidor comprometido? e < href="https://security.stackexchange.com/"> Stack Stack de Segurança : Como faço para lidar com um servidor comprometido?