Use o método: Control and Conquer.
Pare um processo e veja seu impacto no tempo determinado. Se não houver mudança, continue por tanto tempo que tal mudança ocorrerá.
Eu começaria com o Django, depois com o Apache e depois com o PHP.
Então, primeiro descubra o que pode causar o problema.
É evidente que alguns dos seus códigos estão em padrões antigos e depois de atualizar algumas linguagens, provavelmente PHP ou Python, as coisas mudaram.
Gostaria de ver qual processo ocupa mais memória em seu sistema. Então, qual processo está causando o atraso de 9,11?