Acho que encontrei essa resposta em outra pergunta do StackOverflow, mas achei o "q" bastante útil para essa finalidade: link .
Por exemplo Seu objetivo de exemplo seria atingível assim:
$ q "select c2, sum(c3) from data group by c2"
u1 423404
u2 3948
E como ele usa o sqlite como backend, você pode usar todos os tipos de funções sqlite para fazer cálculos.