Isso depende inteiramente de você, mas a maioria dos programas faz algo assim
program --help
Usage: program [<options>][<arguments> ...]
Options:
--help show this message, then exit
--something after some spaces for alignment, an explenation follows.
Você deve conferir o getopt que a maioria dos programas (que também está disponível nas linguagens de programação) e os scripts usam. Dessa forma, as pessoas que usam seu script não ficarão confusas.
Finalmente, você deve adicionar todas suas opções, mesmo que pareçam triviais para você estar completo. Então, eu adicionaria os dois --help e --version na seção Options do uso.