A melhor maneira de iterar as linhas em um arquivo é usar o read
integrado em um loop while. É isso que você está procurando:
while IFS= read -r f; do
if [[ -e $2/$f ]]; then
printf '%s exists in %s\n' "$f" "$2"
else
printf '%s is missing in %s\n' "$f" "$2"
exit 1
fi
done < "$1"