Estranho, parece um problema com o Unity. Você pode descartá-lo como um problema do Unity, você se importa em fazer login no Gnome?
Se o gnome funcionar bem, sugiro que você grave um bug no sistema Ubuntu Launchpad - depois de executar atualizações completas do sistema e verificar se isso já não é um problema resolvido.
Se não é realmente um gerenciador de janelas, suponho que possa ser o Xorg. Talvez você possa mexer com os "Monitores" para mudar as coisas, apenas para conseguir mudar os modos / configs, pode tropeçar no layout correto. Ou, melhor ainda, se você tiver uma ferramenta de configuração de driver de vídeo de terceiros, poderá usá-la para experimentar configurações diferentes.
Uma última coisa que você pode tentar é inicializar o LiveCD - se você puder reproduzir esse comportamento lá, isso implica (para mim) que o problema não é uma configuração induzida pelo usuário, mas em outro lugar.
Boa sorte!