Isto parece um problema comum com a estação RetroPie / Emulation.
Eles abordam isso no Wiki RetroPie-Setup: link
Ele deve apenas exigir a edição do arquivo de configuração do RetroArch para adicionar uma linha:
input_exit_emulator_btn = “6″
Onde "6" é o identificador do botão do gamepad.
Se você quiser que funcione com uma combinação de teclas, adicione as seguintes linhas: (de link )
input_enable_hotkey_btn = 1
input_exit_emulator_btn = 2
Isso faz com que você precise pressionar o botão 1 para "desbloquear" atalhos e pressione 2 ao mesmo tempo para sair.